Entre los años de 1599 y 1608 se construyó en el Puerto de la Cruz una ermita cuyos gastos fueron sufragados por don Juan de Texera que por ende era el propietario del mencionado recinto religioso y dedicado a la advocación de San Juan Bautista.

El acceso a la misma se realizaba por el costado izquierdo de la nave principal pero al construirse el convento, dicha entrada queda incorporada dentro de su claustro, accediéndose entonces a la ermita por dos puertas construídas hacia la calle de San Juan. Aún se puede observar la piedra labrada formando el acro de acceso entre los retablos de Las Animas y Santo Domingo. Don Juan de Texera cedió la ermita a la Congregación Franciscana con el fin de que estableciesen en ella una vicaría de 2 o 3 sacerdotes, sujetos al guardián de La Orotava, para que dijesen misa, confesasen y ayudasen en lo espiritual a los vecinos que, siendo en número de 40 a 50, no había clérigo que quisiese bajar a decirles misa por la distancia, tomando posesión efectiva de la misma en 1609.

A partir de estas fechas escasean las noticias referidas al recinto, si exceptuamos para el siglo XVII la fundación, en 1670, de la Capilla de Las Llagas por don Nicolás Alvarez y para el siglo XVIII la fundación por parte de la familia Nieves-Ravelo, de la Capilla de Las Ánimas, que se encuentra en la nave más pequeña adosada al muro que da hacia la calle de Quintana. Al pie de este retablo se encuentra el sepulcro de dicha familia (1709)

Los decretos Ley de 19 de febrero y 8 de marzo de 1836 suprimen las órdenes religiosas y esto obliga al cierre del convento, permaneciendo al culto solamente la iglesia, que ya en 1830 y 1832 había sido objeto de alguna restauración. En 1926 el Superior de los Misioneros del Corazón de María solicita ayuda para el arreglo de la fachada de la calle de Quintana, pero pese a todos los esfuerzos por mantener en buen estado el edificio, en 1966 el convento de San Francisco que, por aquel entonces se dedicaba a ciudadela, fue víctima de un voraz incendio del cual se salvó la iglesia.

A raíz del expediente de conservación iniciado por el Excmo. Ayuntamiento del Puerto de la Cruz en 1981, la actual iglesia de San Francisco es declarada monumento histórico artístico cinco años más tarde, siendo objeto de restauración por parte de la Consejería de Cultura del Gobierno de Canarias. La planta es bastante original. No se trata de dos naves, sino de una y media, correspondiendo esta última a la primitiva ermita, siendo lo más antiguo del convento. Se divide interiormente en varias capillas con sus respectivos retablos.

La cubierta es a base de artesonados de madera de par y nudillo para la nave principal mientras que el resto de las capillas, al ser independientes, tiene cada una su correspondiente retablo y artesonado que casi siempre es de ocho lados. La separación de las naves es a base de arquería de medio punto, salvo en la parte más antigua en que se trata de arcos de medio punto rebajados.

La actual iglesia de San Francisco posee una interesante colección de retablos, destacando especialmente dos, ambos situados en el espacio de la primitiva ermita. El que ocupa la cabecera es, en unión del situado en la capilla de la familia Nieves Ravelo, uno de los más interesantes.

Se trata de un retablo-hornacina, tallado con motivos de cartelas, espejos y diversas formas vegetales. El único nicho aparece flanqueado por sendos estípites, mostrando decoración a candelieri. En el ático se representa a San Juan Bautista y a San Nicolás de Bari.

En la hornacina se sitúa la imagen de La Humildad y Paciencia, fechada con anterioridad al año 1652, de autor anónimo, si bien podría relacionarse -por factura- con alguno de los activos talleres escultóricos que funcionaban por aquellos años en Garachico.

En la capilla de Ánimas o del Carmen (tercera capilla colateral de la nave de la Epístola) se sitúa el retablo costeado por la familia Nieves Ravelo. El autor del retablo pertenece a la llamada estela del maestro Antonio Alvarez, a quien encontramos trabajando desde 1669. Está articulado en dos cuerpos, sin remate.

El segundo cuerpo aparece ocupado por tres lienzos: Las Ánimas del Purgatorio, San Francisco de Asís y San Pedro de Alcántara, atribuidos al pintor lagunero Jacobo Machado Fiesco (s.XVII).

Entre las imágenes destacan el Cristo de la misericordia, del escultor lagunero Domingo Pérez Donis, encargado por la comunidad franciscana para la procesión del Santo Entierro con anterioridad al año 1645.

San Juan Bautista, pequeña imagen que presidiera antaño la ermita, tallada por el sevillano Andrés Ocampo a comienzos del siglo XVII.

El San Francisco, trabajado en madera policromada y estofada, se fecha a mediados del siglo XVII, mientras que el Santo Domingo, posterior, hecho en papelón, material muy liviano con vistas a los traslados procesionales, parece de escuela popular.

De cronología más tardía -finales del siglo XVIII- es la Inmaculada Concepción, que en la actualidad preside uno de los retablos situados en la pared del evangelio, cercano al púlpito.

Como últimas adquisiciones y gracias a la intervención de la Cofradía de la Vera Cruz y Misericordia, se han adquirido dos obras esclutóricas, una Dolorosa del escultor Francisco Liza y un San Juan Evangelista del escultor Mengual, ambas tallas traídas de la Península. En la actualidad forman un Calvario en la hornacina central del Altar Mayor junto al Cristo de la Misericordia.

Como no podía ser menos, en la Iglesia de San Francisco se realiza un magnífico Belén durante las fechas de Navidad que se ha convertido en uno de los más esperados de los alrededores. Obra del hermano de la Cofradía de la Vera Cruz y Misericordia, Miguel Damián Pérez, su diseño cambia cada año siendo el único elemento fijo las figuras policromadas de estilo Napolitano.